Sim, não há nenhum impeditivo para utilização do app. O Ministério da Saúde permite a integração de sistemas próprios com o eSUS, desde que atendam todos os requisitos técnicos.
Veja a imagem abaixo. Ela mostra como o App se encaixa no processo de integração com eSUS:
Para saber mais, acesse o link: http://dab.saude.gov.br/portaldab/esus.php?conteudo=integracao